(1)鞍内并发症：包括颈内动脉损伤(占0.4%～1.4%)，可引起假性动脉瘤、颈内动脉-海绵窦瘘，术后大血管痉挛、闭塞，及脑神经损伤(占0.4%～1.9%)，尤以展神经损伤为多见。
(2)鞍上操作所致并发症：包括下丘脑、垂体柄、垂体损伤;视神经、视交叉及周围血管的损伤导致视力减退或失明(占0.4%～2.4%)，后者也可由残余肿瘤出血、肿胀、鞍内填塞物过多等原因引起;鞍膈及蛛网膜损伤破裂发生脑脊液漏(占1.5%～4.2%，甚高达9%～15%)，可引起气颅、脑膜炎(占0%～2%);其他尚有蛛网膜下腔出血、双额硬膜外血肿、癫痫等。
(3)经蝶入路及蝶窦内并发症：可有鼻中隔穿孔(3.3%～7.6%)，上唇及牙齿麻木，鼻畸形，上颌骨、眶骨、筛骨等骨折，蝶窦炎(1%～4%)或脓肿，以及在蝶鞍前下壁两侧的蝶窦腔内损伤颈内动脉襻(动脉表面覆盖骨缺损，仅有黏膜者约占4%)和在蝶窦腔的上侧方(有视神经孔的下中壁骨缺损者)损伤视神经。
(4)内分泌症状：有10%～60%的患者可发生尿崩症，大多为短暂性，持续性者占0.5%～15%。术后垂体功能不足的发生为1%～10%，多为大腺瘤，且术前已有垂体功能低下者。
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